Suivant le parti architectural du XIXème, les reconstructeurs des ateliers du plateau développèrent un espace constitué de halles et d'arcades, hautes et petites, qui pouvait être agrandi « à l'infini » pour répondre aux besoins de la production. Les nouveaux bâtiments étaient à peu près identiques à ceux du XIXème, même si leur construction intégrait maintenant le béton armé, témoignage de la mise en œuvre d'un nouveau matériau dans l'arsenal.
Les ateliers des Capucins ont beaucoup souffert des bombardements et des sabotages, notamment l'atelier de chaudronnerie, d'après un article du 13 décembre 1946, 60% de l'outillage fut anéanti et les bâtiments du plateau furent anéantis à l'état squelettique.
Seuls les murs en pierre de taille sont restés debout, ce qui confirme les écrits de Prosper Levot à l'époque de la construction des ateliers, dans son ouvrage Brest, le port depuis 1681 tome 2, disant ceci:
« Ce qui frappe tout d'abord le visiteur c'est d'une part, un grand luxe de solidité résultant de la grande épaisseur des murs et de l'abondance de la pierre de taille »
Au niveau des ateliers et des magasins de l'Arsenal de Brest, le programme de reconstruction considéré comme ambitieux, avait pour objectif de redonner du travail à tous les ouvriers, ces derniers devant retrouver le plus rapidement possible leurs ateliers en état de fonctionnement, néanmoins, en ce qui concernait l'atelier des machines, l'atelier électricité, les bâtiments en fer, il était prévu que ces derniers soient transférés en souterrains. Néanmoins, en raison du budget , ces grandioses projets ne furent pas réalisés et le provisoire prit une figure définitive, peu différente de celle d'avant guerre.
D'après la presse de l'époque en 1946, l'atelier de chaudronnerie fut transféré aux bâtiments en fer, la récupération en Allemagne et à la base allemande de Saint Nazaire (cisaille, plieuse, machines à souder et à cintrer, perceuse...) permit de reprendre les activités comme la réparation des chaudières de navires, la confection de tuyautages...On apprend également que les chaudronniers spécialistes du travail des métaux en forme et du tuyautage participèrent activement à la réfection des charpentes de l'atelier du plateau.
En 1946, la halle de montage était inutilisable, malgré les sabotages, on apprend que le tour vertical avait été remis en service, de même il restait une raboteuse de 1855. Du fait de l'absence de toitures, les ouvriers travaillaient sous la pluie.
Au niveau des halles de petit et gros usinage, le parc de machines était constitué de machines sabotées par les allemands et réparées par le personnel ouvrier, de dommages de guerre comme le tour Somua ou de machines neuves anglaises ou américaines.
Au niveau de l'atelier de fonderie, on peut dire que les conditions de travail étaient très mauvaises, les ouvriers travaillaient dans la boue et sous la pluie.
A la libération, aucun de leur four ne marchait, ce qui paralysait l'activité de l'atelier des machines. Néanmoins, grâce au personnel l'activité avait pu reprendre mais avec seulement un cubilot. Les fondeurs participèrent également aux réparations de l'atelier des machines.
L'atelier électricité avait connu moins de dégâts, néanmoins il ne restait aucun moteur en fonctionnement, une équipe d'une dizaine d'ouvriers s'employa au déblaiement de l'atelier, à la récupération de matériel et à la réparation des moteurs, très vite l'effectif monta à 200 ouvriers.
L'atelier électricité fut l'un des premiers ateliers à participer au démarrage rapide de l'Arsenal de Brest. L'atelier des machines y avait d'ailleurs trouvé refuge.
Les ateliers des Capucins, à la libération ont participé à un grand nombre d'activités de l'arsenal, la refonte du Duquesne, réparations et construction de d'autres navires, usinage pour les bâtiments de commerce, fabrication d'appareils de signalisation pour la ligne Paris-Lyon.
Au sortir de la guerre, les besoins prioritaires de la marine marchande coïncidant avec une diminution des crédits militaires ont conduit à faire construire par l'Arsenal de Brest des navires de commerce comme des cargos charbonniers, des cargos mixtes et longs courriers mais également le paquebot Antilles
3 cargos charbonniers : Penlan, Rhuys, QUIBERON
2 cargos longs courriers : le Mekong et le Meinam
Le paquebot Antilles
Escorteurs d'escadre Dupetit Thouars, D'Estrées, Du Chayla
1 cargo mixte Pierre Loti
En 1953, les ateliers des Capucins étaient reconstruits, ce fut l'occasion d'y apporter des améliorations comme le chauffage et une organisation plus rationnelle du travail.
Pendant cette période de reconstruction, tout comme le reste de la ville, l'arsenal avait beaucoup de bâtiments qui se trouvaient en baraques.
